Circle CIでは、「Pull Requestをマージ前に動作確認をする」といったことは自分でconfigにかいてあげないとできません。
（参考→TravisCIとCircleCIでちょっとずつ違うビルド環境の考え方の違い）
そこで、Pre-dependency commandsに
マージ
git checkout origin/master
git merge origin/$CIRCLECI_BRANCH
git submodule init && git submodule update
って書けばいいや、とおもったら、そうはいかなかったのでメモ。
なぜかコンフリクトが起きます。
SSHで入って、手でGitリポジトリから取得して↑を打つとコンフリクトは起きません。
CircleCIがcloneしたリポジトリは、単純なcloneではないようです。
いろいろ試したんですが、とりあえず結論だけ。
むりやり回避
git clone git@github.com/crowdworks/hoge_project -b $CIRCLECI_BRANCH
rm -rf .git
mv hoge_project/.git .git
git checkout origin/master
git merge origin/$CIRCLECI_BRANCH
git submodule init && git submodule update
のように、gitファイルをむりやり書き換えてやれば、マージができるようになりました。