先に結論

ファイル

git rm --cached [rmしたいファイル]
git add -A
git commit -m "add xxx to .gitignore"

ディレクトリ

git rm -r --cached [rmしたいディレクトリ]
git add -A
git commit -m "add xxx to .gitignore"

全部

git rm -r --cached . 
git add -A
git commit -m "update .gitignore"

git rmについて

① rmのみ

git rm text.php

ワーキングディレクトリおよびステージから削除。

② --cached

git rm --cached text.php

ステージから削除。ワーキングディレクトリには残っているのでgit addすればふつうにまたステージにあがる。
これは特にtext.phpを.gitignoreに追加したときにやるとよい。.gitignoreはワーキングディレクトリからステージにaddするときにフィルタとして通すので、一度ステージにあがってしまったものを.gitignoreにあげても無視されない。一度ステージから削除する必要がある.

③ -r --cahced

git rm -r --cached

ディレクトリをステージから削除するときは-rオプションをつける。