結論から言えば、git add -A は git add . と git add -u を足したものです。
git add . はワーキングツリーに新規作成された、もしくは変更されたファイルをaddします。つまり、rmコマンドなどで削除されたファイルはaddされません。
git add -u は一つ前と最新のステージを比較して、変更があった部分のみをaddします。つまり、新しく作られたファイルはaddされません。
最初にも述べたように、git add -A は git add . と git add -u を足したものですから、新規作成、修正、削除といった全てのファイルをaddします。
分かり易い例がさきのリンクに記述されているので読んでみてください。