これだけ

sudo networksetup -setsocksfirewallproxy <NETWORK_SERVICE_NAME> localhost <PORT>
sudo networksetup -setsocksfirewallproxystate <NETWORK_SERVICE_NAME> on

で OK

具体例

sudo networksetup -setsocksfirewallproxy Wi-fi localhost 10080
sudo networksetup -setsocksfirewallproxystate Wi-fi on

結果

Settings > Network > (NETWORK_SERVICE_NAME) のタブ > Proxies > SOCKS proxy

が設定され、有効になる。

有効化 / 無効化の例

sudo networksetup -setsocksfirewallproxystate Wi-fi on
sudo networksetup -setsocksfirewallproxystate Wi-fi off

ネットワークサービス名の一覧を確認する

networksetup -listallnetworkservices

Mac の Settings > Network でのサイドバーと同じものっぽい

$ networksetup -listallnetworkservices
An asterisk (*) denotes that a network service is disabled.
Wi-Fi
iPhone USB
Bluetooth PAN
Thunderbolt Bridge

SOCKS proxy の起動は

ssh -ND 10080 user@password -i key-file

Ref

こちらの抜粋

osx で socks proxy の設定を command line で完結させる - Qiita

Original by Github issue

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