環境

OS : ubuntu16.04
knp : 5.00
jumanpp : 2.0.0-rc3
juman : 7.01

概要

from pyknp import KNP
knp = KNP()
knp.parse("学校でしてね")

こんな感じで普通にKNPを使っていたところ

Exception: Error: ;; Invalid morpheme ID: kata(25) kei(37)

こんなエラーが文字によって出たり出なかったりしていました
(『てして』は起こる例です)

本家のgithubに解決策が提示されているので、それを参考に個人的なベストソリューションを防備録代わりにメモします
https://github.com/ku-nlp/pyknp/issues/16
https://github.com/ku-nlp/jumanpp/issues/108

解決策

# 一回消す
$ which knp
-> /usr/local/bin/knp
$ sudo rm -r /usr/local/bin/knp
$ sudo rm -r /usr/local/bin/juman
$ sudo rm -r /usr/local/bin/jumanpp

jumanの辞書をKNPに内包されている辞書で更新します
jumanの辞書と、KNPの中にあるjumanの辞書、が一致していないからこのエラーが出るらしいですね
KNPは最新のものがほしいのでこちらから
https://github.com/ku-nlp/knp

# juman 7.01
$ wget http://nlp.ist.i.kyoto-u.ac.jp/nl-resource/juman/juman-7.01.tar.bz2
$ tar -jxvf juman-7.01.tar.bz2

# KNP 5.0
$ git clone https://github.com/ku-nlp/knp.git

# copy some files from knp to juman
$ cp knp/juman/makemat/makemat.c juman-7.01/makemat/
$ cp knp/juman/dic/JUMAN.grammar juman-7.01/dic/
$ cp knp/juman/dic/JUMAN.kankei juman-7.01/dic/
$ cp knp/juman/dic/JUMAN.katuyou juman-7.01/dic/

# install juman
$ cd juman-7.01/
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
$ cd ..

jumanppとKNPはいつもどおりです

# jumanppの再インストール（v2で動作確認）
$ wget https://github.com/ku-nlp/jumanpp/releases/download/v2.0.0-rc3/jumanpp-2.0.0-rc3.tar.xz
$ tar xvf jumanpp-2.0.0-rc3.tar.xz
$ cd jumanpp-2.0.0-rc3/
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ..
$ make
$ sudo make install
$ cd ../..

# KNPのインストール
$ sudo apt-get install automake m4 libtool automake autoconf
$ cd knp
$ ./autogen.sh
$ wget http://lotus.kuee.kyoto-u.ac.jp/nl-resource/knp/dict/latest/knp-dict-latest-bin.zip
$ unzip knp-dict-latest-bin.zip
$ cp -ars `pwd`/dict-bin/* ./dict
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
$ cd ..

configureがないとか出た場合はautogen.shの実行に失敗しているので、ログを見てください
必要なライブラリが足りていない感じです、多分

$ python
from pyknp import KNP
knp = KNP()
knp.parse("学校でしてね")
-> 成功

行けましたね
解決策を提示していただいた方に感謝です
これに加えて200文字以上の長文を加えないようにしたら、KNPのエラーはほぼなくなりました