CakePHP3でリレーション先のモデルのカラムを取得条件に指定

matchingメソッドを使う
Emails.emailを条件にUsersを取得。

// メール送信対象のユーザー一覧取得
$sleepUsers = $this->find('all', [
     'conditions' => [
          'Users.delete_flag' => 0
      ]
])->matching('Emails', function ($q) {
      return $q->where([
           'Emails.email' => $email,
      ]);
})->toArray();