R（インストール基礎）

R インストール

通常一般的に使われているOS（Windows、Mac）でのRのインストールは基本的に脳死で終わるのだが、他人への説明書代わりにまとめておく（聞かれることないけどｗ）。

Windows

CRAN(https://cran.r-project.org/) からインストーラーをインストール。そしてインストーラーを管理者権限で起動したら、ただ指示に従ってインストールするだけ。
（注：日本語フォルダー名がつく部分にインストールしないこと！）

（注意64bit版と32bit版）

Mac/Linux(Unix系OS）

dmgファイルのインストールの場合はWindows版と大差がないので省略する。

brewを使ったインストール法の場合

まずターミナルを立ち上げ、brewをインストールする。

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

Linux版（Ubuntuを例に）

正直Ubuntuを使おうとする物好きはこんなの見なくてもいける気がするが、一応備忘録として。

# update indices
apt update -qq
# install two helper packages we need
apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# import the signing key (by Michael Rutter) for these repo
apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

sourceコードから変換（Ubuntuの場合）

取り敢えず足りなさそうなものを片っ端からインストール．

sudo apt install build-essential
sudo apt install gfortran

sudo apt install git build-essential libssl-dev libreadline-dev zlib1g-dev x11-apps x11-utils x11-xserver-utils libsqlite3-dev nodejs fonts-ipafont libxml2-dev libxslt1-dev

sudo apt install texlive-lang-japanese texlive-xetex texlive-luatex texlive-latex-recommended

後は普通に解凍してインストールすれば宜しい

wget #Rのソースファイル
sudo tar-zxvf R-version #インストールしたいのR-version
cd　R-file #ディレクトリ移動
./configure --prefix=/入っているパスの部分/R-file　# コンパイル、インストール

R アンインストール

Windows

Windowsマークの部分をクリック、若しくはキーボード下のWindowsマークを押し、Rを探す。
そしてR実行リンクを見つけたら、右クリックしてプログラムと機能を開きアンインストールする。

Mac

sudo rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app ＼
/usr/local/bin/R /usr/local/bin/Rscript 

Ubuntu

正味Ubuntu動かしている人で正直分からない人がいると思えないので省略

参考文献

正直ここら辺を参考にすれば大方の分野のものは入る気がする

CRANの公式サイト

矢内勇生先生のHP
https://yukiyanai.github.io/jp/resources/

Rで塩基配列解析