太平洋での航海のデータをrでプロットしたいと思ったのだが、いわゆる経度0を中心とする地図では太平洋が分断されてしまって見辛い。
太平洋を中心に持ってくるような地図が書きたいと思ったが案外めんどくさく悩んだのでメモ。

調べてみるとみんな大好きstack overflowに回答が。
https://stackoverflow.com/questions/34011100/plot-pacific-ocean-and-continents-with-ggplot2borders

library(ggplot2)
library(mapdata)

mp1 <- fortify(map(fill=TRUE, plot=FALSE))
mp2 <- mp1
mp2$long <- mp2$long + 360
mp2$group <- mp2$group + max(mp2$group) + 1
mp <- rbind(mp1, mp2)
ggplot(aes(x = long, y = lat, group = group), data = mp) + 
  geom_path()  + 
  scale_x_continuous(limits = c(110, 300)) + 
  scale_y_continuous(limits = c(-50, 70))

map を二つ作って無理矢理つなげている。

fortify は初めて知ったが、 rbind で結合するために map オブジェクトを DataFrame に変換するために使っているようだ。

mp の中身を head()で見るとこんな形になっている。

long	lat	group	order	region	subregion
-69.89912	12.45200	1	1	Aruba	NA
-69.89571	12.42300	1	2	Aruba	NA
-69.94219	12.43853	1	3	Aruba	NA
-70.00415	12.50049	1	4	Aruba	NA

とりあえず何も考えず手持ちの緯度経度のテーブルからプロットしてみる。

library(ggplot2)
library(mapdata)
library(readr)
library(dplyr)

#サンプリング場所のデータ読み込み
merged_Metadata <- read_tsv('merged_data.tsv')
#group として 全て 1 のカラム を追加
ones <- numeric(dim(merged_Metadata)[1])
ones <- ones + 1
withOne <- cbind(merged_Metadata,new)

mp1 <- fortify(map(fill=TRUE, plot=FALSE))
mp2 <- mp1
mp2$long <- mp2$long + 360
mp2$group <- mp2$group + max(mp2$group) + 1
mp <- rbind(mp1, mp2)

ggplot(aes(x = long, y = lat, group = group), data = mp) + 
  geom_path(color="gray") + 
  scale_x_continuous(limits = c(110, 300)) + 
  geom_point(data = withOne, aes(x = LONGITUDE, y = LATITUDE, group = ones), color = "red", size = 0.01)

なるほど、経度に関しては-の部分を+360しないと表示されないのね。

library(ggplot2)
library(mapdata)
library(readr)
library(dplyr)

#サンプリング場所のデータ読み込み
merged_Metadata <- read_tsv('merged_data.tsv')
#group として 全て 1 のカラム を追加
ones <- numeric(dim(merged_Metadata)[1])
ones <- ones + 1
withOne <- cbind(merged_Metadata,new)

LONGITUDE <- withOne[, "LONGITUDE"]
modLONGITUDE <- data.frame(modLONGITUDE = ifelse(LONGITUDE < 0, LONGITUDE + 360, LONGITUDE))

withModLongitude <- cbind(withOne, modLONGITUDE)

mp1 <- fortify(map(fill=TRUE, plot=FALSE))
mp2 <- mp1
mp2$long <- mp2$long + 360
mp2$group <- mp2$group + max(mp2$group) + 1
mp <- rbind(mp1, mp2)

ggplot(aes(x = long, y = lat, group = group), data = mp) + 
  geom_path(color="gray") + 
  scale_x_continuous(limits = c(110, 300)) + 
  geom_point(data = withModLongitude, aes(x = modLONGITUDE, y = LATITUDE, group = ones), color = "red", size = 0.01)

rworldmap とか他の世界地図描画できるパッケージも調べたけど、基本的に対応してないので似たようなトリッキーな方法でやることになりそう