Error: Non-finite values are not allowed in the covariates.

はじめに

MatchItのバージョン4.3.0ではmatchitのformulaの共変量にcharacter型を使用すると，
Error: Non-finite values are not allowed in the covariates.
とエラーが出てしまうというお話です．

character型の共変量をfactor型に変換するか、MatchItを4.2.0にダウングレードすることで解決できます．

状況

効果検証入門〜正しい比較のための因果推論／計量経済学の基礎のコードの写経をしていた所，
傾向スコアマッチングの章で

ch3_pscore.R

> m_near <- matchit(formula = treatment ~ recency + history + channel，
                  data = biased_data，
                  method = "nearest"，
                  replace = TRUE)
> ###エラー: Non-finite values are not allowed in the covariates.

というエラーが出現しました．

※ formula内のchannelのみcharacter型．recencyとhistoryはdouble型．

環境

windwos 10
R version 4.1.1

MatchIt以外で使用しているライブラリ

library("tidyverse")
library("broom")
library("WeightIt")
library("cobalt")
library("Matching")

原因

MatchIt4.3.0のコード(2021/9/13更新)によると，

matchit.r

> if (any(!is.finite(covs[[i]]))) stop("Non-finite values are not allowed in the covariates."， call. = FALSE)

の部分が該当するようです．
!is.finite()は数値型やfactor型はFALSE，character型はTRUEとなり，これがcharacter型でエラーが出ている原因のようです．

matchit.r

> if (is.character(covs[[i]])) covs[[i]] <- factor(covs[[i]])

と次の行にはあるので順番を間違えた可能性も．

解決策

character型の共変量をfactor型に変換するか、MatchItを4.2.0にダウングレードすることで解決できます．
どちらでも解決できるので，必要に応じて使い分けてください．

character型の共変量ををFactor型に変換する

共変量として渡すものをfactor型に変換します．

> biased_data <- mutate(biased_data，channel=as.factor(channel))　#factorへ変換
> m_near <- matchit(formula = treatment ~ recency + history + channel，
                  data = biased_data， 
                  method = "nearest"， 
                  replace = TRUE) 

再現にこだわらないのであればこちらで問題ないと思います．

MatchItを4.2.0にダウングレードする

CRANからMatchIt4.2.0をダウンロード，再実行します．

R パッケージのバージョンを修正するによるとダウングレードの方法は以下の三通りあるそうです．

• devtools パッケージ を使用します．
• CRAN アーカイブ からパッケージ ファイルをダウンロードして インストールします．
• CRAN スナップショットを使用します．

今回はCRANアーカイブからパッケージファイルをダウンロードしてインストールする方法で実行しています．

MatchItのアーカイブは以下のリンクからダウンロードできます．

適当な場所に保存して

> remove.packages("MatchIt") #MatchItパッケージの削除
> install.packages("パッケージをダウンロードしたディレクトリ/MatchIt_4.2.0.tar.gz"， repos = NULL， type = "source")

読み込めれば完了です．

> Warning in install.packages :
   パッケージ ‘MatchIt’ は使用中のため，インストールされません 

とエラーが出る場合は

> detach("package:MatchIt"， unload=TRUE)
> remove.packages("MatchIt") #MatchItパッケージの削除
> install.packages("パッケージをダウンロードしたディレクト/MatchIt_4.2.0.tar.gz"， repos = NULL， type = "source")

Rで読み込んだライブラリをunloadしてからパッケージを削除して再インストールすれば完了です．

参考文献