変更するメソッド

メソッドは EC2 : modify_instance_attribute() を使用します：

ec2_client = boto3.client('ec2', 'region')
ec2_client.modify_instance_attribute(
     InstanceId = 'string',
     Groups = [
          'string',
     ]
)

設定例：

ec2_client = boto3.client('ec2', 'ap-northeast-1')
ec2_client.modify_instance_attribute(
     InstanceId = 'i-0da123456',
     Groups = [
          'sg-35b28551',
          'sg-35b28552'
     ]
)

関連情報の収集

変更する場合、変更前にインスタンスに設定されているグループIDのリストが必要になることも多いかと思います。その場合は EC2 : describe_instance_attribute() メソッドで取得します。

ec2_client = boto3.client('ec2', 'region')
response = ec2_client.describe_instance_attribute(
     Attribute = 'groupSet',
     InstanceId = 'string'
)

実行例：

ec2_client = boto3.client('ec2', 'ap-northeast-1')
response = ec2_client.describe_instance_attribute(
     Attribute = 'groupSet',
     InstanceId = 'i-0da123456'
)
for group in response['Groups']:
     print(group['GroupId'])

sg-35b28550
sg-35b28551

このグループIDのリストを追加変更して modify_instance_attribute() のグループリストに設定する流れとなります。

参考資料