はじめに
VS Codeで掲題の事象が発生し、調査・暫定対処まで出来たので備忘
事象
VS Codeでは、文字を選択せずにCtrl + Cを押すと1行コピーとなります。
そのままCtrl + Vで貼り付けると、現在の行の1行上にコピーした行が挿入されます。
(Alt + Shift + ↑と同じ動作)
しかし、.java拡張子のファイルで上記操作を行うと、想定と異なる動作になりました。
調査結果
拡張機能のLanguage Support for Java(TM) by Red Hatを消すと正常な動作に戻ったので、これが原因と思われます。
（バージョン: v1.25.1）
というわけで、Language Support for Java(TM) by Red HatのGitHub Issueで何か言われていないか検索してみましたが、特になさそうでした。
なので、Issue追加してみました。
すると返信が！
「こっちでは再現しないけど、以下を設定したら回避できるかも」とのことでした。
"[java]": {
"editor.pasteAs.enabled": false
}
こちらを設定して無事回避できました 🎉
不具合自体は別のIssueが対応されればこちらも解消するかも、とのことでしたが、一旦これで解決しているので一旦上記の対応だけで良いかなと思います。
参考になれば幸いです 
おわりに
...ここまで記事を書いてから見つけたのですが、全く同じ内容の記事が既にありました。
しかもGitHub Issueもある...
英語の検索って難しい_(:3 」∠ )_
追記
その後、改修が反映されました！
v1.26.2024011008にアップデートし、settings.jsonの設定を戻して確認したところ期待通りの動作になっていました。
2024/01/11時点で上記バージョンはまだプレリリース段階ですが、そのうちリリースバージョンになると思うのでいずれ解決すると思います。