はじめに
GMT5,GMT6で互換性がないため、GMT5で書かれたスクリプトがGMT6では使用できない。Ubuntu22.04のパッケージ管理ソフトではGMT6がセットされるため、GMT5の最終版の5.4.5をコンパイルする必要があります。(Anacondaでも一応可であるが、やりたくない。)
方針
- GMTプログラム以外のデータや依存するプログラムについてはパッケージ管理ソフトで管理を行う。
- 公式サイトのwikiにしたがうhttps://github.com/GenericMappingTools/gmt/wiki
-
/usr/local/gmt-5.4.5にプログラム一式を置くものとする。
GMTが依存しているプログラムのインストール
こちらの# Install required dependenciesと# Install optional dependenciesをインストールする
sudo apt install build-essential cmake libcurl4-gnutls-dev libnetcdf-dev
sudo apt install gdal-bin libgdal-dev libfftw3-dev libpcre3-dev liblapack-dev libblas-dev libglib2.0-dev ghostscript
GMTのデータのインストール
sudo apt install gmt-gshhg gmt-dcw
※gmt-gshhgは/usr/share/gmt-gshhgディレクトリにデータが格納される。
※gmt-dcwは/usr/share/gmt-dcwディレクトリにデータが格納される。
GMTソースコードのダウンロード
wget https://github.com/GenericMappingTools/gmt/releases/download/5.4.5/gmt-5.4.5-src.tar.gz
tar -zxf gmt-5.4.5-src.tar.gz
cd gmt-5.4.5
GMTのコンパイル
README.cmakeを見て以下必要なオプションを追加（cmakeを使います）
cmakeファイルの修正
cp cmake/ConfigUserTemplate.cmake cmake/ConfigUser.cmake
cmake/ConfigUser.cmakeでデフォルトから一部を変える。
cmakeの-Dオプションで指定することも可能であるが、ここではConfigUser.cmakeですべての設定を決めることにする。
以下のようにコメントアウトを外して、修正し、追加した。
cmake/ConfigUser.cmake
set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gmt-5.4.5")
set (GMT_INSTALL_RELOCATABLE TRUE)
set (GMT_EXCLUDE_GDAL TRUE)
set (GMT_EXCLUDE_PCRE TRUE)
set (GMT_EXCLUDE_PCRE2 TRUE)
set (GMT_EXCLUDE_FFTW3 TRUE)
set (GMT_EXCLUDE_LAPACK TRUE)
set (GMT_EXCLUDE_ZLIB TRUE)
# Ubuntu 22.04の場合
set (GSHHG_ROOT "/usr/share/gmt-gshhg")
set (DCW_ROOT "/usr/share/gmt-dcw")
# gcc>=10の場合(Ubuntu22.04,CentOS Stream9は該当します。)
# <https://github.com/GenericMappingTools/gmt/issues/2493>
# <https://qiita.com/yasuhirokimura/items/d5337d73a016502b9d54>
# ConfigUser.cmakeに以下の項目を追加して古いバージョンで実行できるようにする。（対処療法）
set (CMAKE_C_FLAGS "-fcommon")
ソースコードの修正
glibc>=2.32で廃止となった項目を修正する。(Ubuntu22.04,CentOS Stream9は該当します。)
こちらにありました https://github.com/greenbone/gvmd/issues/1279
src/common_sighandler.cの190行
sys_siglist[sig_num] -> strsignal (sig_num)
に変更する。
実行
mkdir build
cd build
cmake ..
make -j8 # 8コアでコンパイル
sudo make -j8 install
make clean
GMTのパスを張る
最後に/usr/local/gmt-5.4.5/binにパスを張りましょう。
$ vi ~/.profile
$ vi ~/.bashrc
$ vi ~/.bash_profile
等
export PATH=/usr/local/gmt-5.4.5/bin:${PATH}