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DeeptoolsのplotProfileでの結果で,Y軸の値が消える件の修復法

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ChIP-seq signalのサマリーとして,Deeptoolsの一機能である,ChIP-seq signalのheatmapを描出するplotHeatmapやChipSignalの平均値をだすplotProfileは使いやすいです。

一方,なぜか私の環境だと(Ubuntu18.04,もしくはCentOS)現在のDeeptools (ver3.3.0)だとplotProfileでのY軸の値が消えてしまいます。

このため,plotProfileのcodeの一部に手を加えてみました。
まず,シェルでplotProfileの中身を見てみると,

less $(which plotProfile)

# !/home/USER/anaconda3/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-

# import deeptools.misc
# from deeptools.plotProfile import main
# import sys

# if __name__ == "__main__":
#    args = None
#    if len(sys.argv) == 1:
#        args = ["--help"]
#    main(args)

となっており,deeptools.plotProfile moduleのmain関数であることがわかります。
つぎに,このmoduleのpathをさがすためinspect moduleを使います。

pythonを立ち上げて,

import deeptools.misc
from deeptools.plotProfile import main
import inspect
inspect.getfile(main)
>>> '/home/USER/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/deeptools/plotProfile.py'

これで,さきほどのmain関数が,plotProfile.py内の関数であることがわかりました。
実際に,このコードの中身を見てみましょう。再びシェルで

vim /home/USER/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/deeptools/plotProfile.py

このコードの中身のうち,plot_profile関数 (def plot_profile(self)のところ)の,
最後の方のax.get_yticklabels(), visible=False (deeptools ver3.3.0だと747行目)を
False >>> Trueに変えてみました。

plotProfile.py

    def plot_profile(self):
.............
            # remove the numbers of the y axis for all plots
747         #plt.setp(ax.get_yticklabels(), visible=False) ###edit here
748         plt.setp(ax.get_yticklabels(), visible=True)
.............

この後,無事にplotProfileにY軸が表示されるようになっています。

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