気になったので実験メモ。
from pymongo import MongoClient
from datetime import datetime
client = MongoClient()
col = client.db.collection
item = col.insert_one({ 'date': datetime.now() })
adminMongoで見たらこんな感じに。
dateキーに挿入されている日付はISODateオブジェクトです。

ちなみにpythonでこのデータを読み込むと
items = list(col.find())
items
# [{'_id': ObjectId('574d28258cc7157fb9c98b40'),
# 'date': datetime.datetime(2016, 5, 31, 14, 59, 1, 572000)},
# {'_id': ObjectId('574d28e88cc7157fb9c98b41'),
# 'date': datetime.datetime(2016, 5, 31, 15, 2, 16, 862000)}]
という感じにdatetimeオブジェクトで返ってきます。