TL;DR
Unity 5.5からゲーム起動時のロゴ表示シーンがPlayer Settingsで簡単にできるようになりましたが、透過画像の余白が大きいと縦横比が狂うのでSprite ModeのMesh TypeをFull Rectにしましょう。
スプラッシュスクリーンの縦横比が変
元画像（画像は適当です）
Unity Editorに入れてTexture TypeをSpriteにして、PlayerSettingsのとこでゲーム起動時ロゴに設定
なんでや！
理由は元画像をSplite Meshとして描画する際、透過部分をUnityがいい感じに裏で切り抜いているからです。（画像自体は1024x512なのですが）
というわけで画像の設定を変更します。Sprite ModeのMesh TypeがデフォルトではTightになっているので、Full Rectにしましょう。
なおりました。
っていうかスプラッシュスクリーン機能は余白の大きさも指定できるようになってほしさがあります。
（横画面にすると極大ロゴになったりする）