簡単に言うと

サブディレクトリを切ってその中に対象のスクリプトと Web.config を入れます。

app_root
|   Web.config
|   
\---slow_scripts
        Web.config

ASP.NET では動的にタイムアウト値を変更できない

PHP には set_time_limit() という関数があります。スクリプト単位で簡単にタイムアウト値を変更できますが、ASP.NET では Web.config でアプリケーション全体で１つの設定という感じになっています。

サブディレクトリで設定を変える

ただしサブディレクトリを作り、その中に Web.config を入れれば、アプリケーション全体の設定の一部を上書きすることができます。その上書きされた設定はサブディレクトリ配下全体に適用されます。

これを利用することで、アプリケーション全体の設定はそのままに、特定のスクリプト（Web フォーム）だけタイムアウト値を変更することが出来ます。

Web.config

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<configuration>
    <system.web>
      <httpRuntime
        executionTimeout="300"
      />
    </system.web>
</configuration>

手間はかかりますが、スクリプトごとにサブディレクトリを作ればスクリプトごとに値を調整することもできます。