gitなどで共同作業していると、iPhone環境で開発していたのにいつの間にかBuildTargetがAndroidになっていて、予期せぬReImportに時間を取られてDeadEndということがたまによくあります。
gitignore的な物で何とかなりそうな気もしますがコマンドライン実行で
/Applications/Unity/Unity.app/Contents/MacOS/Unity -projectPath $PWD -buildTarget iPhone
上記のように-buildTargetに環境を指定してあげればその通り開きます。
ただこの場合terminalのプロセスとしてUnityが開いてしまうので
/Applications/Unity/Unity.app/Contents/MacOS/Unity -projectPath $PWD -buildTarget iPhone -quit
quitオプションを付けて、再度自分で開くのもありかもしれません。