自分が Windows アプリを作成する際に Win32API 関連で参考にするサイトと書籍についていくつかまとめてみました。
MSDN
https://msdn.microsoft.com/ja-jp/
まずは公式。だけど重いし翻訳日本語だったり、体系的に知るには不便だったり。
リファレンスとしてはまずまずなので最終的にはココを確認することも多い。
WisdomSoft（旧）
http://wisdom.sakura.ne.jp/
Win32 API入門は最初から勉強するにはとても良いサイトだと思います。
HSPの裏技？？
http://chokuto.ifdef.jp/urawaza/
HSPだけどまあC言語等とほぼ同じ。
インコのページ
http://gurigumi.s349.xrea.com/
ちょっと突っ込んだコントロールとかの使い方とかがある。
EternalWindows
http://eternalwindows.jp/index.html
多岐にわたる分野の技術についてあります。
以上が自分が良く使うサイトになります。その都度検索した結果で出てくるサイトを参考にする場合も多いですが、上記のサイトは判りやすさや信頼性の点で記憶に残ってよく使うようになりました。ちなみにこういう場合良く紹介されているサイトである「猫でもわかるプログラミング」は自分とは合わなかったです。サンプルコードも要点だけを突いた判りやすいモノではないように思えます。
次に書籍になります。
Windows95 APIバイブル1 Win32編
http://www.shoeisha.co.jp/book/detail/9784881354308
Windows95 APIバイブル2 コモンコントロール・メッセージ編
http://www.shoeisha.co.jp/book/detail/9784881354469
所謂バイブルですね。一つのジャンルについて関数や定数が網羅されているのでリファレンスではなく一通り読むと意外に知らなかった便利な関数があったりします。また複数の関数を使って始めて意味をなすようなものだとサンプルで使い方が示されているので理解しやすいと思います。
APIで学ぶWindows徹底理解
http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/MAG/20061218/257206/
ウィンドウコントロールだけではなく OS の機能（プロセス等）の情報が体系立てて学べる本だと思います。
自分はあまり本を読まないので読んだ本の中で良かったと思うのは以上三冊ですが、ちょっと調べてみると良さそうな本はいくつか出てきますのでもっと勉強したい方はそちらも読んでみると良いかもしれません。