生物系のためのR超入門 (7) 【パッケージとインストール】

0. はじめに

今回はパッケージというものについて扱います。
必要に応じてパッケージをインストールし、利用することでたくさんの便利な機能を用いることができます。
あまり難しいことではないので、気楽にいきましょう。

【前回の記事はこちら】

0-1. この記事の達成目標

• パッケージがインストールできる。
• パッケージ内の関数を実行できる。

0-2. 初めて登場する関数

• inststall.packages("パッケージ名")
  • パッケージをインストールします。
• library("パッケージ名")
  • パッケージを読み込みます。
• ggplot()
  • 詳細はいずれ扱います。図表を描く関数です。
    

1. パッケージとは？

パッケージを簡単に説明すると「Rにデフォルトで入っている関数以外の関数集」です。
Rで実際に実験のデータを統計処理するようになると、デフォルト関数だけではできないことが多数出てきます。例えばやや複雑な図表の作製や、多重比較検定でのアルファベット振りなど…です。
そうした処理を可能にする関数がいくつかまとまって、パッケージという形でインターネット上に多数存在しています。
図表の作製にはggplot2パッケージや多重比較の際にはmultcompパッケージなどがしばしば登場します。
自分のやりたい処理に応じて、必要なパッケージをインストールすることで、デフォルト以外の関数を用いることができます。

2. インストールの仕方

パッケージのインストールの仕方にはいくつか方法がありますが、ここでコードinststall.packages()を使う方法を紹介します。

使い方は簡単で、引数にパッケージ名をダブルクォーテーション""で括って指定するだけです。
ためしに、ggplot2パッケージをインストールしてみましょう。
何も問題なければ、文字がバババッと出てきて、最後に「The downloaded XXXXX packages are in XXXXX」というメッセージが表示され、インストールが無事終了します。

> install.packages("ggplot2")
####
いっぱいメッセージが出てきます
####
The downloaded XXXXX packages are in XXXXX

もし、エラーメッセージ等が出てきてインストールがうまくいかない場合は、以下の記事様がお詳しいのでご覧ください。

3．パッケージ内の関数の使い方

では、パッケージ内の関数を試しに使っていきましょう。
今回はggplot2パッケージのggplot()関数を例にします。
ggplot2の使い方や詳細は、またいずれまとめたいと思いますが、今回はRにデフォルトで入っているデータフレームirisのデータをggplot()でカラフルな散布図にしたいと思います。
コードの細かい内容は気にせず、とりあえず真似してみてください。

パッケージ内の関数を使うためには前項のinstall.packages()に加えて、読み込みlibrary()が必要です。library()の引数にパッケージ名をダブルクォーテーション""で括って指定します。
install.packages()は最初に1回だけすればよいのですが、読み込みのlibrary()はRを終了するとリセットされてしまうので、再度の実行が必要になります。

> #library()をしないで実行するとエラー
> ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species))+geom_point()
Error in ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species)) : 
  could not find function "ggplot"

> #library()をしてから実行
> library("ggplot2")
> ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species))+geom_point()

右下の画面に散布図が表示されたらOKです。

4. 次回