BiopythonでBLAST結果をファイルに保存せずに解析する [バイオ]

biopythonでのblast結果の解析には
NCBIXML.parse(open('blast結果のxmlファイルパス'))
がよく使われると思う。
しかし、blastの結果がファイルでない or ファイルに保存したくないこともしばしば。

こんな時は、
NCBIXML.parse(io.StringIO(blastの結果))
を用いることで、blastの実行結果をファイルに保存せずに解析することができる。

blast_do_not_save_results.py

#!/usr/bin/env python3

import io
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
from Bio.Blast import NCBIXML

db_path='path/to/the/blast_db'
fasta_path='path/to/the/query/fasta'

# blastの結果を out に入れる
out=NcbiblastnCommandline(db=db_path, query=fasta_path, evalue=1e-5, outfmt=5)()[0]
# blastの結果をparse
blast_records=NCBIXML.parse(io.StringIO(out))
for blast_record in blast_records:
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            print('****Alignment****')
            print('sequence:', alignment.title)
            print('length:', alignment.length)
            print('e-value:', hsp.expect)
            print(hsp.query[0:75] + '...')
            print(hsp.match[0:75] + '...')
            print(hsp.sbjct[0:75] + '...')

上記のスクリプトは以下と同じ。
ただし、以下はblastの結果をxmlファイルに書き出す。

blast_save_results_as_xml.py

#!/usr/bin/env python3

import io
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
from Bio.Blast import NCBIXML

db_path='path/to/the/blast_db'
fasta_path='path/to/the/query/fasta'

# blastの結果を out に入れる
out=NcbiblastnCommandline(db=db_path, query=fasta_path, evalue=1e-5, outfmt=5)()[0]
# blastの結果をxmlファイルに保存
with open('blast_out.xml', 'w') as outfile:
    outfile.write(out)
# 保存したxmlファイルをファイルオブジェクトにする
result_handle=open('blast_out.xml')
# blastの結果をparse
blast_records=NCBIXML.parse(result_handle)
for blast_record in blast_records:
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            print('****Alignment****')
            print('sequence:', alignment.title)
            print('length:', alignment.length)
            print('e-value:', hsp.expect)
            print(hsp.query[0:75] + '...')
            print(hsp.match[0:75] + '...')
            print(hsp.sbjct[0:75] + '...')

ポイント

こちらによると、io.StringIO は「ファイルオブジェクトのように見えるオブジェクト」を作るらしい。
io.StringIO は python3のみで使用可能なので注意。
python2では io.BytesIO を使うことで同じことができる。

環境

Python 3.7.1
biopython 1.72
BLAST 2.8.1+
Ubuntu 18.04