RDKit FingerprintGenerator

RDKitのAllChem.GetMorganFingerprintAsBitVectでエラー

新しめのバージョンのRDKitでAllChem.GetMorganFingerprintAsBitVectすると以下のエラーが出ました

DEPRECATION WARNING: please use MorganGenerator

issueもありました

Gregさんが回答してくださっている、以下のRDKit blogの通りにすればエラーは出なくなります。従来のやり方ではなくこちらの方が推奨される理由は、"The idea of the new code is that all supported fingerprinting algorithms can be used the same way."だそうです。

↓みたいな感じで書き換えればエラーが出なくなりました。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdFingerprintGenerator

# generator
mfpgen = rdFingerprintGenerator.GetMorganGenerator(radius=2,fpSize=2048)

# smi -> fp
smi = "CCC"
m = Chem.MolFromSmiles(smi)
fp = mfpgen.GetFingerprint(m)