結論 : プロジェクトファセットを編集する
対象プロジェクトを右クリック
[プロパティ] ->
[プロジェクトファセット] ->
[ファセットフォームに変換] ->
[Java] ->
適用して閉じる
Q. プロジェクトファセットとは
ランタイム(EclipseがJavaプロジェクトをビルドするのに必要な要素)の一つ。
多分この設定をしないと、きちんとビルドが走って警告とエラーが表示されなくなるっぽい。
参考
よくわからんQAのサイト
ibmのプロジェクトファセットについて
Oracle
余談
きちんと調べて書きたかったけど、時間が経ってそこまでの興味が持てなくなったので、一旦解決方法だけで投稿しています。