良い記事を見つけたので試して見る
http://www.jonki.net/entry/20140215

コード

Shader

Shader "Custom/TestShader" {
	Properties {
		_HolePos("HolePos",vector) = (1,1,1,1)
		_HoleSize("HoleSize",Range(0,10)) = 1
		_BlurThick("BlurThick",Range(0,10)) = 1
		_MainColor("MainColor",Color) = (1,1,1,1)
	}

	SubShader {
		Tags {"Queue" = "Transparent" "RenderType" = "Transparent"}
		ZWrite On
		ZTest LEqual
		Blend SrcAlpha OneMinusSrcAlpha

		Pass {
			CGPROGRAM
			#pragma vertex vert
			#pragma fragment frag

			uniform float _HoleSize;
			uniform float4 _HolePos;
			uniform float _BlurThick;
			uniform float4 _MainColor;



			struct v2f {
				float4 wPos : SV_POSITION;
				float2 uv : TEXCOORD0;
			};

			v2f vert(float4 pos : POSITION ,float2 uv : TEXCOORD0) {
				v2f output;
				output.wPos = mul(UNITY_MATRIX_MVP,pos);
				output.uv = uv;
				return output;
			}

			float4 frag(v2f input) : SV_TARGET {
				half4 col = _MainColor;
				float2 pos = input.uv;

				float dist = distance(pos, float2(_HolePos.x, _HolePos.y));
				if(dist < _HoleSize) {
					clip(-1.0);
				} else if(dist < _HoleSize + _BlurThick){
					col.a = (dist - _HoleSize) * 10.0;
					col.a = pow(col.a, 2.0);
				}
				
				return col;
			}

			ENDCG
		}
	}
}

Script

using UnityEngine;
using System.Collections;

public class ShaderScript : MonoBehaviour
{
    // Use this for initialization
    void Start()
    {
	
    }
	
    // Update is called once per frame
    void Update()
    {
        Ray ray = Camera.main.ScreenPointToRay(Input.mousePosition);
        RaycastHit hitInfo;
        if (Physics.Raycast(ray, out hitInfo))
        {
            Renderer renderer = hitInfo.transform.GetComponent<Renderer>();
            if (renderer)
            {
                renderer.material.SetVector("_HolePos", hitInfo.textureCoord);    
            }

        }
    }
}

結果:

変えたところ
Rayを投げて当たったところのTEXCOORDをHolePosに入れた。画面サイズに依存せず、見た目通りの位置に穴が開くようになった。