Salesforceからメールを送信する方法は複数ありますが、今回はメールアラートに設定できる Visualforcメールテンプレート を使います。

イメージ図

メールテンプレートを作成する際は Visualforce を選択する必要があります。
こちらはコンポーネントを呼び出すだけのシンプルなものです。

Visualforce メールテンプレートの編集

<messaging:emailTemplate subject="タイトル" relatedToType="Case">
<messaging:plainTextEmailBody >
<!-- コンポーネントの呼び出し、その際にCase.Idを引き渡す -->
<c:MailComp targetCaseId="{!relatedTo.Id}" />
</messaging:plainTextEmailBody>
</messaging:emailTemplate>

Visualforce メールテンプレートから渡された Case.Id をコントローラー（Apexクラス）に渡すことで、必要な情報を作成するために使います。
rendered を使うことで、メール内に表示するかどうかを判定しています。

MailComp.component

<apex:component access="global" controller="MailCompExt">
<!-- VFテンプレートからCase.Idを取得 -->
<apex:attribute name="targetCaseId" type="Id" description="Case.Id" assignTo="{!caseId}" />
{!userName} 様

この度は{!subject}をお申し込みいただきありがとうございます。
<apex:outputText rendered="{!isToday}"><!-- レンダリングするかどうかをApexから取得 -->
いよいよ本日ですね。
</apex:outputText>
お待ちしています。
</apex:component>

コンポーネント内で動的に表示させたいテキストや、表示有無に関してはApexで管理します。

MailCompExt.apex

public class MailCompExt {
    public Id caseId { get;
                       set {
                           // CaseIdを元にカスタムオブジェクトからデータを取得
                       }
                     }

    public Boolean getIsToday() {
        return true;
    }
}

以上。