形態素解析に用いられるJUMANですが、扱える言語がPerlやPythonです。Rubyで扱っている記事も見つけますが、PHPで書かれたものはなかったので、メモしておきます。
（2015/9/4：　@mpywさんからを受けたので追記をしました）

proc_open を使った方法

<?php
function juman($text) {
  $descriptorspec = array(
     0 => array("pipe", "r"),  // stdin は、子プロセスが読み込むパイプです。
     1 => array("pipe", "w"),  // stdout は、子プロセスが書き込むパイプです。
  );

  $process = proc_open('juman', $descriptorspec, $pipes);

  if (is_resource($process)) {
      // $pipes はこの時点で次のような形を取っています。
      // 0 => 子プロセスの stdin に繋がれた書き込み可能なハンドル
      // 1 => 子プロセスの stdout に繋がれた読み込み可能なハンドル
      // すべてのエラー出力は /tmp/error-output.txt に書き込みされます。

      fwrite($pipes[0], $text);
      fclose($pipes[0]);

      $return_value = stream_get_contents($pipes[1]);
      fclose($pipes[1]);

      // デッドロックを避けるため、proc_close を呼ぶ前に
      // すべてのパイプを閉じることが重要です。
      proc_close($process);

      return $return_value;
  }
}
?>

shell_execを使った方法（こちらの方が簡単）

function juman($text) {
  // jumanのコマンドを実行
  $output = shell_exec(sprintf('echo %s | /usr/local/bin/juman', escapeshellarg($text)));

  return $output;
}

使い方

$textにjumanにかけたい文字列を渡すと、それを返してくれます。この関数を使用すると返ってくるのは文字列形式になります。よって、受け取り側で

<?php
// テキストをjumanにかけて結果を取得する
// splitした後の配列に {"EOS", ""} が含まれるので削除する
$text = 'こんにちは。私の名前はSOJOです。';
$juman_result = juman($text);
$juman_result = split("\n", $juman_result);
array_pop($juman_result);
array_pop($juman_result);

var_dump($juman_result);
?>

出力結果

array(9) {
  [0]=>
  string(119) "こんにちは こんにちは こんにちは 感動詞 12 * 0 * 0 * 0 "代表表記:こんにちは/こんにちは""
  [1]=>
  string(41) "。 。 。 特殊 1 句点 1 * 0 * 0 NIL"
  [2]=>
  string(112) "私 わたし 私 名詞 6 普通名詞 1 * 0 * 0 "代表表記:私/わたし 漢字読み:訓 カテゴリ:人""
  [3]=>
  string(47) "の の の 助詞 9 接続助詞 3 * 0 * 0 NIL"
  [4]=>
  string(110) "名前 なまえ 名前 名詞 6 普通名詞 1 * 0 * 0 "代表表記:名前/なまえ カテゴリ:抽象物""
  [5]=>
  string(44) "は は は 助詞 9 副助詞 2 * 0 * 0 NIL"
  [6]=>
  string(54) "SOJO SOJO SOJO 未定義語 15 その他 1 * 0 * 0 NIL"
  [7]=>
  string(72) "です です だ 判定詞 4 * 0 判定詞 25 デス列基本形 27 NIL"
  [8]=>
  string(41) "。 。 。 特殊 1 句点 1 * 0 * 0 NIL"
}

とする必要があります。関数側に配列に変換する処理を入れても良いかも知れまん。返ってくるデータはあくまでも文字列なので、単語の各要素を取り出すためには、更にsplitなどを使って文字列を切り分ける必要があります。

関数側の処理はproc_openが具体的に何をしているのか把握できていないので、分かり次第、追記していきたいと思います。

参考文献
http://php.net/manual/ja/function.proc-open.php
http://qiita.com/eme-fes456/items/7d5d481a167743f00c5e

PHP で JUMAN を叩く

proc_open を使った方法

shell_execを使った方法（こちらの方が簡単）

使い方