下記コードは暗号化再現コード。実際にはCakePHP2の Security::hash() を使ってるのでこのとおりじゃないですが…
// $salt app/Config/application.ymlにあるSecurity.salt app/Config/core.phpにあるSecurity.saltじゃないので注意。 
// $password 入力したパスワード
$encrypt = hash('sha512', $salt . $password);
このように  app/Config/application.yml に記述してある salt を使うのでこのファイルを上書き等で紛失すると、一切ログインできなくなります。
開発環境等でMySQLのクエリでパスワードをまとめて更新するなら下記クエリで。
UPDATE users SET `password`=sha2('{{Salt}}{{Password}}', 512);