タイトルまんま^^;
brewでMariaDBを入れて起動しっぱなしにしたら、MariaDB側のポートを変更してても、Sequel Proでローカルにソケット接続すると、MAMP ProのMySQLでなくMariaDBに接続されてしまうので、Sequel Proでソケットオプションを指定しました。
（MariaDBを入れたときの話はこちら→Mac OSX El Capitanにbrewで MariaDB+Mroonga環境を入れてNetCommons3(CakePHP2)で使う - Qiita）
Sequel Pro の設定
MAMP ProのMySQLへの接続設定でソケットオプション指定するだけ。
ソケットの場所は
/Applications/MAMP/tmp/mysql/mysql.sock
になります。これをソケット欄に入力するだけでOK。
これで、MariaDBとMAMP ProのMySQLを同時に起動して両方にSequel Proから接続出来るようになりました。(^^)