RDKitやPsi4をインストールするDockerfileを作った

勉強会向けに環境構築しようと思ったら、WindowではいくつかRDKitの機能が使えなかった。
それなら「DockerならLinuxっぽいしいけるやろ」と思って色々突っ込んでみました(重い……)

こちらを参考にして、必要なもの、いらないものを調整しました。
https://punhundon-lifeshift.com/dockerfile

FROM ubuntu:latest
#https://punhundon-lifeshift.com/dockerfile

# proxy
#ENV http_proxy http://doraemon:1a2b3c@111.111.111.111:8080
#ENV https_proxy https://doraemon:1a2b3c@111.111.111.111:8080

# install linux commands
RUN apt-get -y update && apt-get install -y \
sudo \
wget \
vim \
curl \
unzip

# add Japanese packages to ubuntu
RUN apt-get install -y language-pack-ja-base language-pack-ja \
fontconfig fonts-takao && locale-gen ja_JP.UTF-8
ENV LANG ja_JP.UTF-8
ENV LANGUAGE ja_JP:ja
ENV LC_ALL ja_JP.UTF-8

# install miniconda3-py3.6
WORKDIR /opt
RUN wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh && \
sh /opt/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -b -p /opt/miniconda3 && \
rm -f Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh

# set path
ENV PATH /opt/miniconda3/bin:$PATH

# install libraries
RUN pip install --upgrade pip && \
conda update -n base conda && \
apt-get -y install openbabel && \
conda install psi4 psi4-rt python=3.7 -c psi4 && \
conda install -c conda-forge rdkit && \
pip install openfermion && \
pip install py3Dmol && \
pip install pubchempy && \
conda install -c conda-forge nodejs jupyterlab

# make 'work' directory
WORKDIR /
RUN mkdir /work

CMD ["bash","-c","jupyter notebook --notebook-dir=/data --ip=0.0.0.0 --port=8889 --no-browser --allow-root"]

ビルド
docker build -t test-phi4 .\phi4-docker

Dockerの実行
docker run -v ${pwd}/Anaconda:/data --rm -p 8888:8888 -p 8889:8889 --name test-phi4 -it test-phi4