最近Windowsを起動した際にVSCodeを開くと，最近使用したフォルダのWSLのDドライブが開かれるのですが，フォルダのみ生成されており，中身が空になっております．
毎度WSLの再起動を行っていたのですがDockerDesktopが都度止まるのが面倒くさかったのでちゃんと調べてみました．(正しく自動マウントしてくれるような設定調べろって話ですが)

マウントされてないのでmountすればいいみたいです．xを任意のドライブのアルファベットに書き換えてください．

sudo mount -t drvfs X: /mnt/x

これだけだと寂しいので少しだけ解説を付け加えておきます．
まずmountはrootしか実行できないのでsudoが必要です．
オプションの-tはマウントするファイルシステムを指定します．WSLで使用するファイルにdrvfsとvolfsがあるようです．
volfsはWSL 内部を，drvfsはWSL 外部を管理するファイルシステムとなっています．今回はWSL外のWindowsのフォルダであるためdrvfsですね．
後はマウント元，マウント先を指定して終わりです．

参考