[PictBio HP「解析メモ」](https://www.pictbio.com/tips/2998.html)から移行中です。元記事：2018/10/30 公開ペアシーケンス時の方向の情報はどう使うか

　同じ配列断片から複数個所シーケンスを行う手法を使うとデータ解析の時に、お互いのシーケンスデータのシーケンス方向も情報になります。

同じ断片から複数個所シーケンスする利点についてはこちら

ペアシーケンスの方向とは

　同じ断片から複数シーケンスをとると、１本目のシーケンス方向に対し N 本目のシーケンスの方向は同方向、または、逆方向かといったことが考えられれます。

　アライメント計算ツールを使う際に、２本ペアのシーケンスアプリケーションによるシーケンスデータに対応している場合、方向の設定をオプションで指定する時があります。その際によく見る設定値は次のようなものがあります。（「–」シーケンス、「>/<」方向、「=」配列）

––––>        <––––
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––––>        ––––>
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<––––        ––––>
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　これはペアの方向の関係性をあらわしています。

　fr と rf の違いは、前者が断片の内側に向かってシーケンスされている、後者が逆に外側に向かってシーケンスしているかの違いになります。（ツールによっては独自の設定がある可能性があるため、よく確認する必要があります。）

マッピングの正確性をさらに上げる

　リファレンスに対しマッピングする際に、ペアのリードの方向関係がオプションの設定に一致すると、スコアを上げるなどの計算の補正に情報が使われます。

　その他にも、このマッピング情報を使って、リファレンスに対し設定と異なる方向関係でアライメントが行われていたら、逆位が考えられます。また、前回もお話した転座などでも境目の予測に使うことができます。

　シーケンサーによってロジックが異なるので Paired-End イコール fr の方向ではありません。