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元記事：2015/09/15 公開 受託解析サービスの選び方
今回は受託解析サービスの選び方についてお話しします。
最初に結論から言いますと、サービスを選ぶときは、
- その会社が出してくるデータが自分の想定している要件を満たしているか
- 予算
などを鑑みて頼まれるといいと思います。
弊社はNGSが出始めたくらいから受託解析サービスを行っており、当時は数社しか受託解析を行っているところはありませんでした。しかし最近はこれらのサービスを行っているところが、かなり増えてきました。大手さんはWetからDryまで一通りの解析を格安でやっていますし、他社ではパイプラインを用意して、自分の手で解析を行えるようにしています。ただその中でもある程度すみわけが存在します。それが下記の図です。
シーケンシング＋データ解析
これは大手さんに多いサービスになるのですが、サンプルまたはライブラリを送るとデータとなって返ってくるサービスになっています。メリットはなんといっても 安く済むことにあります。
なぜ安く済むのかというと、wetとセットの価格ということもありますが、解析がルーチンで回せるからというのが大きいでしょう。その分デメリットも存在し、ある程度までは解析をしてくれるのですが、論文にするときなどにさらに解析が必要な場合がほとんどです。そのためそのデータをどう扱えばわからない方たちが、データを持て余しお蔵入りしているケースを多く耳にします。
データ解析のみ
これはNGSを持っている人が、解析だけを他所に委託するケースです。メリットは シーケンサーを自由に選択 できることです。
また解析はルーチンワークで回しているため、安く済みます。ただ前述と同様、その後のデータの扱いで困っている先生が多くみられます。
データ解析＋コンサルティング
失敗したくなくサンプリングから相談に乗ってほしい方、自分独自でやり方をカスタマイズしたい方に向けた「初心者の方から玄人の方まで」、経験を選ばないサービスです。ルーチンではなく一つ一つの案件に対して先生の意向を汲みながら解析を行うので、予算やアルゴリズムに応じた 柔軟な解析 が行えるのが特徴です。
また前述のお蔵入りしているデータを、論文に使える図表にしてお渡しするというサルベージサービスも行っているところもあります。しかしカスタマイズ性が高いため、時間がかかることが多く、少々割高になる場合があります。
最後に
大方この三種類に分別され、弊社はデータ解析＋コンサルティングに分類されます。利点は何といっても柔軟に対応できるところです。
案件もすこし特殊で、例えば、
- 論文に書いてある最新の情報で解析を行いたい
- 無料配布のツールが使いにくいから、新たにもっと使いやすいソフトを作りたい
- 他社の解析サービス項目にない解析を行いたい
- このInputからこのOutputを吐き出すスクリプトを書いてほしい
などサービス内容は多岐にわたります。
最後に注意ですが、
NGS関連予算を取得する際、シーケンサーでデータを出すところまでで見積もっておられて、解析にこんなにお金がかかるとは思ってなかったという方をたまにお見受けします。予算どりにはくれぐれもお気を付けください。