CartoDB で外来生物の分布をみてみる

CartoDB ?

CartoDB は ブラウザで操作できる地理情報可視化ツールです。
今回は、CartoDB を使って、外来種の鳥類のガビチョウの分布をみてみます。

CartoDB の始め方

ユーザ登録

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操作画面の日本語化

Chrome を使用している場合は、プラグイン CartoDB Translator を追加することで、GUI を日本語にすることができます。
プラグインを追加したら、Chrome のツールバーに追加された CartoDB マークのアイコンをクリックし、オプションを選びます。

Default Language を Japanese にし、Save をクリックします。

CartoDB のページに切り替え、ブラウザの更新ボタンを押すと、GUI が日本語になりました²。

地図の作成

右上の黄緑色の 新規地図（NEW MAP）をクリックすると、データを追加する Add datasets 画面になります。

データの準備

今回は、環境省 モニタリングサイト1000里地調査 の 鳥類調査データ の以下のファイルを使わせていただきます。

• DataSite_bird.xlsx（各調査サイトの情報）
• DataCensus_collumn.csv（調査記録）

データの追加

緯度経度情報を持つ Excel

DataSite_bird.xlsx のファイルをドラッグして、Drag & drop your file のところに重ねます。

右下の CONNECT DATASET をクリックしてデータを追加します。

あれ？ 背景の世界地図が表示されましたが、追加したデータはどこでしょうか？
画面中央の上にあるボタンを見ると、現在 地図ビュー（MAP VIEW）になっているので、データビュー（DATA VIEW）に切り替えてみます。

すると、Excel で開いた場合と同じような表のデータが見ることができます。

右のほうの列をみると、各調査サイトの緯度と経度の情報があります。
これらをもとに、地図上にポイントを落とそうと思います。

まず、36.1、35.7 と緯度が入力されている列の列名（画像では _3³）の横の ▼ をクリックして、ジオリファレンス（Georeference）を選びます。

Lon/Lat Columns（緯度経度列）を選び、それぞれ Longitude（緯度）、Latitude（経度）の列を指定し（画像では _4 と _3）、CONTINUE をクリックします。

これで各調査サイトの位置にポイントが落とすことができました。
真ん中の上のボタンで地図ビューに切り替えて確認しましょう。

地理情報を持たない csv

次は、もう一つの DataCensus_collumn.csv を追加します。
右のツールバーの一番上の ＋ ボタンをクリックして、データセットを接続します（Connect dataset）をクリックし、さっきと同じ手順で、csv ファイルをドラッグ ＆ ドロップしてきて、レイヤの追加 します。

こちらもデータビューに切り替えると、表の情報を見ることができました。

一つめのデータに切り替えるときは、[1] というタブをクリックします。

2つのデータを結合する

今回の目的は、ガビチョウの分布をみることです。
しかし、地図になっているのは調査サイトで、ガビチョウの情報を含む調査記録（DataCensus_collumn）は表の情報のみです。また、緯度経度の情報もありません。

そこで、調査サイトに調査記録のデータを結合し、一つにしたいと思います。
結合に使うのはどちらのデータにも存在している、サイトID の列です。

まず、[1] をクリックして、一つめの調査サイトデータに切り替え、merge datasets をクリックします。

次の画面で、Column join（列で結合）を選びます。

左を datasite bird、右を datacensus collumn にします。

datasite bird では id という列が サイトID に該当するので、id を選択します（この例では 一番下にあります）。

datacensus collumn では siteid が サイトID に該当するので siteid を選択し、右下の NEXT STEP をクリックします。

次の画面では、結合後のデータに持っていく列を選びます。
左の datasite bird は列が多いので、一度すべての列を選択のスイッチを OFF にし、一番上の the_geom と サイト名（ここでは _2）のスイッチを ON にしましょう。

右の datacensus collumn はここまま（すべて ON）でいいと思います。
できたら、右下の MERGE DATASETS をクリックします。

できました。

地図ビューはこんなかんじです

データの絞り込み

2つのデータを結合できたものの、今の状態ではガビチョウ以外のすべての種も表示されています。
なので、ガビチョウのみを表示したいと思います。

データビューに切り替え、filters ボタンをクリックします。

フィルターに使う列を spname に指定します。

ガビチョウ と入力し、Apply をクリックします。

できたら spname の列を見て、確認してみます。
どうやら ガビチョウ と ヒゲガビチョウ、カオジロガビチョウ の3種に絞り込まれたようですね⁴。
地図ビューをみてみましょう。

ガビチョウは本州（特に関東）や九州、四国に分布しているようです！

完成品

少し色を変えてみました。調査サイトのポイントをクリックしてみてください＊
モニ1000 里地調査 調査サイトにおけるガビチョウ類の分布

参考サイト

• 地図DB：CartoDBに関するもっと詳細な情報を掲載しています。
• PSSブログ：CartoDB のトピックスが見れます。

1. データ権限が Public しか選べないので注意 ↩

2. 画面切替等で英語に戻ってしまったり、環境によってはうまく動作しないかもしれません。 ↩

3. もとの Excel では、緯度、経度 という列名ですが、現時点では列名の日本語が認識されず、アンダーバーと連番になっています。ていねいに進めるときは、あらかじめ Excel で半角英数のみの列名に書き換えてください。 ↩

4. 厳密に ガビチョウ のみにしたいときは、SQLボタンをクリックし、'%ガビチョウ%' の % を消して、'ガビチョウ' にし、クエリを適用 をクリックしてください。 ↩