自分は、まだまだemacsの世界に触れてから日が浅いです。なのでEmacs は GUI起動で利用しています。emacs には日本語を入力するelispとして、mozc.el があります。しかし、GUIで利用するなら、日本語入力はfcitxから入力したいと思っていました。

#fcitx.el の導入

ということでfcitx.elを導入してみました。
https://github.com/cute-jumper/fcitx.el
fcitx.elはemacsでプレフィックスキー(C-x とか C-c とか）を入力した時に、一時的にGUIのfcitxをオフにしてくれる機能を提供するようです。

list-packages からfcitx.el をダウンロードしてください。melpaに登録されているはずです。

.emacs.d/init.el に以下を記述

init.el

;; fcitx.el
(require 'fcitx)
(fcitx-aggressive-setup)

または

init.el

;; fcitx.el
(require 'fcitx)
(fcitx-default-setup)

##fcitx-aggressive-setup と fcitx-default-setupの違い

fcitx-aggressive-setup と fcitx-default-setup の違いはミニバッファーの挙動の違いみたいです。
fcitx-aggressive-setup だとミニバッファー（C-x C-f や C-x bを入力した時)でもfcitx がオフになります。
fcitx-default-setup だと、ミニバッファーにカーソルが移動した時にfcitx がオンのままになります。

ファイル名に英語を利用している人は fcitx-aggressive-setup を利用すればいいんじゃないかな。

ime に ibus を利用している人は多いようで、ibus.el という拡張の情報は多かったです。けど、fcitx.el について日本語で記事を書いている人が少なかったので投稿しておきます。
まだまだ未熟者ですので、おすすめの設定などがおれば教えていただければ嬉しいです。