BioRubyでgenbankファイルを取得する

今まで BioRuby で genbank 形式のファイルを取得するときは BioRuby Shell を起動して getent() をしていたが、いちいち起動するのは面倒なので Ruby のコード内で取得する方法を調べたのでまとめる。

要約

require "bio"

acc = "NC_012920"
ret = Bio::NCBI::REST::EFetch.nucleotide(acc)

entry = Bio::GenBank.new(ret)

File.open("#{entry.entry_id}.gbk", "w") do |f|
  f.puts(ret)
end

データの取得

データは Bio::NCBI::REST::EFetch.nucleotide で取得する。

他のものの取得はここを参照。

データのパース

取得したデータは String なのでパースする。

今回は GenBank 形式決め打ちでパースしたが、他の形式もパースできるようにするには以下のように書く。

cls = Bio::FlatFile.autodetect(ret)
entry = cls.new(ret)

参照