起きた現象

Xcode11からInfo.plistのBundle versions string, shortという項目がバージョン直書きではなく$(MARKETING_VERSION)という項目を参照するようになりました。

この値はプロジェクトファイル(.xcodeproj)に保存されているらしく、何も設定せずにXcodeGenを実行すると消えてしまっていた。

結論

変数としてproject.ymlに設定する。

settings:
  MARKETING_VERSION: 1.2.0 # 追加する

現状のmasterの状態でmint run yonaskolb/xcodegen@2.11.0を実行するとVersionの部分が空になるかと思います。

プルリクにあるように修正するとVersionが設定されるようになります。