ポケモンgoに使われているライブラリと非公認ツールなどを書いていこうと思います。(随時追加していきます。)

#使われているライブラリ
出典： pokemon go 公式アプリのライセンスページより

###GoogleCardBoard
VR用のヘッドマウントディスプレイですね。そのうち対応するでしょう。
https://vr.google.com/intl/ja_jp/cardboard/

###SharpZipLib
C#で書かれたソフトウェアの圧縮用のライブラリのようです。
https://icsharpcode.github.io/SharpZipLib/

###Lunar Unity Mobile Console
Unityのモバイルバージョンのログをだすツールだそうです。
簡単に言うとUnityですね（笑）Unityで作ってMobile用に最適化するためのツールのようです。
http://japan.unity3d.com/

###Touch Script
UnityのためのマルチタッチをサポートするためのFrameWorkだそうです。
https://www.assetstore.unity3d.com/jp/#!/content/7394
http://touchscript.github.io/

###Zenject
Unityのための係争な依存関係などを自動で解決してくれるフレームワークだそうです。
あまりよくわからないので英語が得意な人は実際にURLに飛んで読んだほうがいいです。
https://github.com/modesttree/Zenject#theory

###LeanTween
UnityのためのTweenアニメーションを作成するためのエンジンらしいですね。
モンスターボールをなげるときのアニメーションなどに使われているのでしょうか。
https://www.assetstore.unity3d.com/jp/#!/content/3595
https://github.com/dentedpixel/LeanTween

###Newtonsoft JSON
主にC#でJSONを扱うためのライブラリのようです。
参考になりそうなqiitaの記事を載せときます。
http://www.newtonsoft.com/json

C#でJSONを扱うライブラリ「Json.NET」を使ってみました
http://qiita.com/ta-yamaoka/items/a7ff1d9651310ade4e76

###unity-webview
unity内でウェブページを表示するためのプラグインです。最近、pokemon go全くやってないので何に使われているか分かりません。~~(北海道はポケストップ少ないし、宮崎とか福島みたいにイベントもやってくれないので辛い。高橋はるみなんかやれよまじでw）~~
https://github.com/gree/unity-webview

###axTLS

axTLS組み込みSSLプロジェクトは、メモリー要件の少ないプラットフォーム用に設計された、
高度に構成可能なクライアント/サーバーTLSv1.2ライブラリーです。
小さなHTTP / HTTPSサーバーと追加のテストツールが付属しています。

何に使われているかわかりません。
http://axtls.sourceforge.net/

#非公認ツール
###PokemonGo Map
現在マップ上にいるポケモンをリアルタイムで見ることができます。
https://github.com/AHAAAAAAA/PokemonGo-Map
[追記]作者ページより

Thank you all for the kind words and offers of help! I'd like to clarify that the main reason I chose to shut it down was because I’ve lost interest rather than legal concerns. Niantic’s actions towards 3rd party developers have been very off-putting and it has killed my personal motivation to work on this project. This was a fun weekend project for a game I enjoyed, and now I’ve lost interest in both. I won’t resume development, but there are active forks of this project you could use.

翻訳(google翻訳）
親切な言葉や助けをくれてありがとう！私は開発をやめる主な理由は、法的な懸念ではなく、興味を失ったためであることを明確にしたいと思います。サードパーティ開発者向けのNianticの行動は非常に不快であり、このプロジェクトに取り組む私の個人的なモチベーションを殺しました。これは私が楽しんだゲームの楽しい週末のプロジェクトでしたが、今では両方に興味を失っています。私は開発を再開しませんが、あなたが使うことができるこのプロジェクトの活発なフォークがあります。

僕も非常に残念に思っています。公式ライブラリを使えということでしょうが、それもないので開発者を置いてけぼりにしてる感がありますね。
残念です。

###Pokemon-Go-Controller
iosデバイスをゲームコントローラーとして現在地を変更できます。
これを使えば~~日本でもポケモンGoを楽しむことができるでしょう。~~
現在は日本でもPokemon GOができるので、歩きたくない方や、外国のポケモンを捕まえたい方など利用するといいでしょう。
https://github.com/kahopoon/Pokemon-Go-Controller
(アカウント停止対象になる恐れがあります。)

###pokego-scan
ポケモンの位置などを調べるのに使えるノードパッケージです。
https://github.com/dgoguerra/pokego-scan

#ポケストップ確認ツール
Ingress Intel Map でingressのポータルを確認できます。
Pokemon GOはingressのポータルがポケストップとジムに利用されているので、自分の家や、宿泊する予定のホテルの近辺などのポケストップの確認に使えます。

#便利そうなライブラリ
###leafletjs
こちらはWeb上のマップを自作したりするのに使えるjavascriptのライブラリです。
http://leafletjs.com/

###D3.js
グラフィックに関する記述ができるJavascript
mapのオーバーレイなどに便利な機能がたくさんある。

https://d3js.org/
http://bl.ocks.org/shimizu (d3jsの紹介サイト)

##GISについての記事をたくさん書いている方のブログ
http://shimz.me/blog/

こちらもお供にいかがでしょう。