######不要なディレクトリ/ファイルの削除

#必要なディレクトリだけを残して、不要なディレクトリ/ファイルを削除する
git filter-branch -f --subdirectory-filter [残したいディレクトリ]

######レポジトリの統合

#統合したいレポジトリとそのユーザーを指定
git remote add [AnyName] git@github.com:[UserName]/[RepoName].git
git fetch [AnyName]
git merge --allow-unrelated-histories [AnyName]/[Branch]

--allow-unrelated-historiesについて

無関係なヒストリを持つ２つのブランチをマージしようとすると
fatal: refusing to merge unrelated historiesと出力されマージできません。
この問題を解決するために--allow-unrelated-historiesを指定しています。

参考記事