samtools##

samtools は NGS のリードのアライメント後の出力ファイルである sam/bam file を編集できるツールです。
今回は、samtools でソートしてしまった bam file から unique mapped reads の抽出を行いましたので、書き置きします。
samtools のマニュアルページはこちら

sam file であれば、テキスト形式なので、grep 等を使って unique mapped reads を抽出できます。一方で、bam file はバイナリの形式なので、単に grep を咬ませるだけでは抽出できません。
そこで、今回は single-end reads と paired-end reads を bowtie2 でアライメント後、bam file から unique mapped reads を抽出したいと思います。

bowtie2 の sam/bam file には、それぞれのリードにタグ情報が付与されています。
今回は、複数回アライメントされたリードに付く XS タグを除くことで、unique mapped reads を抽出します。

# grep -v : ある文字を持った列を取り除く

# Single-end
# -h : Header のみの出力にしない, -@ : Thread number, -b : bam 形式で出力
$ samtools view -@ 8 -h ./MappedReads.bam | grep -v "XS:" | samtools view -@ 8 -h -b > ./UniqueMappedReads.bam

# Paired-end
# -f 0x2 : ペアでアライメントされたリードを表示
$ samtools view -@ 8 -h -f 0x2 ./MappedReads.bam | grep -v "XS:" | samtools view -@ 8 -h -b > ./UniqueMappedReads.bam

以下参考
・samtools のマニュアルページ
・bowtie2 のマニュアルページ (タグに関しても含む)
・grep の使い方とオプション