解決方法

Dockerfileに以下のコマンドを追加する

Dockerfile

RUN apt-get update && apt-get upgrade -y -o Dpkg::Options::="--force-confold"

参考情報

アップグレードコマンドは公式リポジトリのREADMEに記載されていた。
READMEでも 最新のセキュリティアップデートを入手するなどの目的で、このOSを随時アップデートすることをお勧めします。(和訳) とアップグレードが推奨されていた。

上記コマンドを追加したところ、実行前後で nginx / passenger のバージョンは以下のようになった
（確認日：2019/6/14）

パッケージ	Upgrade前	Upgrade後
nginx	1.14.0	1.15.8
passenger	5.3.3	6.0.2