目的
顕微鏡撮影した細胞画像から、細胞膜領域と細胞質基質領域の範囲を選び、その平均輝度値を求めたい！
使用するアプリケーションは、以下の通りです。
- Fiji (ImageJ) ←今回は、これのインストール！
-画像解析ソフト - Anaconda
-Python を動かすところ - cellpose
-Python で書かれた細胞画像の分節化に特化した、deep-learning に基づくアルゴリズム
上記アプリケーション（プラグインを含む）のインストールや、解析に必要なマクロを記録していきます。
PC の環境
Windows 10
この記事の範囲
Fiji のインストールと、画像解析に必要なプラグインのインストール方法
Fiji のインストール
Fiji のダウンロード
以下のリンクから、Windows 用の "Download for Windows(64-bit)" をクリックして、ダウンロード。
Fiji のインストール
ダウンロードした zip ファイルを展開します。
注意！
展開するときに、ファイルの保存先としては、C:\Program Files ではなく、C:\Users[your name] の下に置くことを推奨されています。
"ImageJ-win64.exe" をダブルクリックすると、Fiji が起動します。
プラグインのインストール
細胞が撮影された写真の中で、細胞の形や核の形など関心領域 (ROI) を選択して解析を行うことが多いのですが、そのROI を作成するときによく使う便利な機能をFiji に追加していきます。
後から追加する便利な機能は「プラグイン」といって、Fiji にも多数用意されています。その一つ、[MorpholibJ] を追加します。
MorpholibJ のインストール
- Fiji のメニューバーから、Help>Update... を選択します。
- ImageJ Updater というウインドウが現れるので、左下の"Manage update sites" をクリック。
- "IJPB-plugins" の名前を探し、左側のチェックボックスをクリックして、Close をクリック。
- ImageJ Updater ウインドウに、"IJPB-plugins" が追加されているので、Apply changes をクリックして、インストールスタート。
- Fiji を再起動し、メニューバーの Plugins を開くと、"MorpholibJ" が追加されています。
Fiji へのプラグイン追加の方法
上記のMorpholibJ のように、Fiji のメニューバーからインストールできるものもあれば、Github などで公開されているプラグインや独自で開発したプラグインを手動で導入する方法もあります。
そのときに、プラグインのファイル（JARファイルなど）を格納する場所を記載します。
- Fiji をインストールする際、zipファイルを展開したフォルダの場所を開きます。
（おそらく、C:\Users[your name]\Fiji.app となっていると思います） - その中にある、"plugins" というフォルダがあるので、その中に格納します。
- 格納されたプラグインは、Fiji のメニューバーから、Plugins の下に出てきます。
以上！