目的
顕微鏡撮影した細胞画像から、細胞膜領域と細胞質基質領域の範囲を選び、その平均輝度値を求めたい！
使用するアプリケーションは、以下の通りです。
- Fiji (ImageJ)
-画像解析ソフト - anaconda ←今回は、これのインストール！
-Python を動かすところ - cellpose
-Python で書かれた細胞画像の分節化に特化した、deep-learning に基づくアルゴリズム
上記アプリケーション（プラグインを含む）のインストールや、解析に必要なマクロを記録していきます。
PC の環境
Windows 10
この記事の範囲
Anaconda のインストール
Python を動かす方法としては、The Python Package Index を使う方法と、Anaconda を使う方法があります。
今回、Python を動かす理由としては、Python で書かれた cellpose を使いたいためです。
cellpose のインストールチュートリアルに、Anaconda を経由して Python を動かす方法で記載されていたので、今回は Anaconda を使用します。
Anaconda のインストール
Anaconda のインストール方法は、下記の Python Japan の HP で詳しく記載されている方法の通りに行いました。
2022年3月時点で、Python の最新版は "3.9" です。cellpose のインストールナビには、「Python 3.8 を選んでね」とあり、少し心配をしたのですが、
無事に動くので、最新版の Anaconda を選択しても大丈夫だと思います。
Python Japan による、Windows 版 Anaconda のインストール方法の紹介
上記のリンクの通り、
-
Anaconda の HP から、最新版の Windows 版 Anaconda をダウンロードします。
-
C:\Users[your name]\anaconda3 もしくは、C:\Users\anaconda3 にインストールします。
このとき、オプションの選択ですが、デフォルトのままで大丈夫です。
- PATH の設定はしなくてもいいです。Anaconda Prompt から cellpose を起動させればいいです。
- Python を動かすシステムとして、Anaconda を設定します。
スタートボタンから、Anaconda3 > Anaconda Prompt (Anaconda3) をクリックすると、Anaconda 用のプロンプトが開かれます。
cellpose の起動は、このプロンプトから行うので、デスクトップにショートカットを作成するなどしておくと、便利です。
以上！