下記のように修正したアニメーションを作成することで改善しますが、今度は移動時のモーションが床を滑るようなものになってしまいます。
諸々解決するにはきちんと歩行モーションを作成しないといけないようです。

(2021.11.29 追記)
修正したアニメーションを用意しました。こちらからダウンロードできます。
自然なアニメーションではないと思いますが、修正アニメーションの作成が面倒な方はご利用ください。
(2021.11.29 追記ここまで)

はじめに

どうも。「バーチャルためにならない改変お姉さん」の水無月せきなです。
今回はVRChat のアバター、特にフルトラ（フルボディトラッキング）時において顕在化する問題への対応についてです。

環境

VRChat : VRChat 2021.3.4p2
SDK : VRCSDK3-AVATAR-2021.09.03.09.25_Public
Unity : 2019.4.30f1
OS : Windows 10 ( 20H2 )

フルトラで床に座っているとつま先が上に折れ曲がる

下の写真をご覧ください。

つま先がありえないくらいに折れ曲がっています。
Twitterでも同様の呟きを見ることができるかと思います。また、回避策として、移動モーションをフルトラ時に再生しないようにするような方法が紹介されていたのを見た記憶があります。
しかし、移動モーションを再生しなければ発生しないのであれば、移動モーションに問題があるのでは？　と引っかかりました。

対応

結論から言えば、やはり移動モーションが原因でした¹。

こちらは VRChat のデフォルト移動モーションの一つ、proxy_low_crawl_Still というアニメーションのプレビューです。
見事に左足のつま先が曲がっています。
おそらく、つま先が地面に接している状態の表現（つまり本来は自然なモーション）だと思うのですが、修正します。

アニメーション内の Left Toes Up-Down の値を 0 にすれば、曲がらなくなります。

厄介なのは、修正するアニメーションは proxy_low_crawl_Still だけではありません²。
移動モーションはブレンドツリーになっており、他のモーションでも Left Toes Up-Down は使われています。Crouching だけでなく Prone で使われているアニメーションもです。
また、左右の移動はミラーで実装されているため、右足側も設定し直しておいた方が良いかと思います。

という訳で、対象アニメーションは

proxy_crouch_still
proxy_crouch_walk_forward
proxy_crouch_walk_right
proxy_crouch_walk_right_45
proxy_crouch_walk_right_135
proxy_low_crawl_still
proxy_low_crawl_forward
proxy_low_crawl_right

対象プロパティ（値を０に設定）は上記のアニメーション内の

Left Toes Up-Down
Right Toes Up-Down

です。修正したものを設定すれば完了です。

これでフルトラでしゃがんでもつま先が曲がりません³！

おわりに

既に他の方が言われているような気がするのですが、パッと見た限りでは見つからなかったので書きました。
修正した Animator Controller を配布しようかとも思ったのですが、VRChat のデフォルトから変える箇所が少なく、配布にあたって問題が無いか確信がありませんでしたので、記事で述べるにとどめておきます。

モデルによって曲がり方に違いがある気がするので、より根本的な原因は別なところにあるかもしれません。 ↩
このアニメーションと Prone で使用している ~_Still を修正すればだいぶ改善しますが、移動した際に一瞬屈曲することがありました。 ↩
フルトラで気付いただけで、デスクトップモード時にもなっていたのかなとは思います。 ↩