はじめに
- 重たい計算が増えたので GPU を使いたい.
- MacOS でも GROMACS の GPU が使いやすそうになった？ぽい.
- そこで、GROMACS 2023.4 をソースからインストールしてみる.
- Mac Studio M2 Ultra と ついでに Mac mini M2 にインストールしてみる.
- こちらは自分用の備忘録なので、参考にする場合は自己責任でお願いします.
- Mac Studio の性能を最大限に引き出せているかは謎...
インストール環境
- Mac Studio (M2, 2023) Apple M2 Ultra 128 GB macOS Ventura 13.6.4
- Mac mini (M2, 2023) Apple M2 16 GB macOS Sonoma 14.3.1
使用したもの
- Xcode 15.2
- Homebrew
Homebrew で必要なものをインストールする
brew install hwloc libomp opencl-headers llvm
色々と入れていたものもあるので足りない場合は、必要に応じて入れる.
clang のシンボリックリンクを作成する
sudo ln -sf /opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang /usr/local/bin/clang
sudo ln -sf /opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang++ /usr/local/bin/clang++
ターミナルを再起動し clang, clang++ のバージョンを確認
clang -v
---
Homebrew clang version 17.0.6
Target: arm64-apple-darwin23.3.0
Thread model: posix
InstalledDir: /usr/local/bin
clang++ -v
---
Homebrew clang version 17.0.6
Target: arm64-apple-darwin23.3.0
Thread model: posix
InstalledDir: /usr/local/bin
※ 2024.2.26 時点のバージョン
GROMACS 2023.4 をソースからビルドする
- 本家から gromacs-2023.4.tar.gz をダウンロードする.
cd
cd Downloads
tar xvzf gromacs-2023.4.tar.gz
mkdir build
cd build
cmake ../ -DGMX_SIMD=ARM_NEON_ASIMD -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DCMAKE_C_COMPILER=clang -DCMAKE_CXX_COMPILER=clang++ -DGMX_MPI=OFF -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=OpenCL -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_HWLOC=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Users/${USER}/programs/mdprg/gromacs-2023.4_gpu -DREGRESSIONTEST_PATH=/Users/${USER}/programs/mdprg/regressiontests-2023.4
make -j4 check
make install
※ 事前に REGRESSIONTEST をダウンロードして、以下に解凍しています.
/Users/${USER}/programs/mdprg/regressiontests-2023.4
面倒くさい人は、 -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON にする
PATH を通しておく
vi .bashrc
---
## GROMACS-2023.X SETTINGS
source /Users/${USER}/programs/mdprg/gromacs-2023.4_gpu/bin/GMXRC
バージョン情報の確認
gmx --version
---
GROMACS version: 2023.4
Precision: mixed
Memory model: 64 bit
MPI library: thread_mpi
OpenMP support: enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 128)
GPU support: OpenCL
NB cluster size: 8
SIMD instructions: ARM_NEON_ASIMD
CPU FFT library: fftw-3.3.8
GPU FFT library: VkFFT internal (1.2.26-b15cb0ca3e884bdb6c901a12d87aa8aadf7637d8) with OpenCL backend
Multi-GPU FFT: none
TNG support: enabled
Hwloc support: hwloc-2.10.0
Tracing support: disabled
C compiler: /usr/local/bin/clang Clang 17.0.6
C compiler flags: -Wno-missing-field-initializers -O3 -DNDEBUG
C++ compiler: /usr/local/bin/clang++ Clang 17.0.6
C++ compiler flags: -Wno-reserved-identifier -Wno-missing-field-initializers -Weverything -Wno-c++98-compat -Wno-c++98-compat-pedantic -Wno-source-uses-openmp -Wno-c++17-extensions -Wno-documentation-unknown-command -Wno-covered-switch-default -Wno-switch-enum -Wno-extra-semi-stmt -Wno-weak-vtables -Wno-shadow -Wno-padded -Wno-reserved-id-macro -Wno-double-promotion -Wno-exit-time-destructors -Wno-global-constructors -Wno-documentation -Wno-format-nonliteral -Wno-used-but-marked-unused -Wno-float-equal -Wno-conditional-uninitialized -Wno-conversion -Wno-disabled-macro-expansion -Wno-unused-macros -Wno-unsafe-buffer-usage -Wno-unused-parameter -Wno-unused-variable -Wno-newline-eof -Wno-old-style-cast -Wno-zero-as-null-pointer-constant -Wno-unused-but-set-variable -Wno-sign-compare -Wno-cast-function-type-strict SHELL:-fopenmp=libomp -O3 -DNDEBUG
BLAS library: External - detected on the system
LAPACK library: External - detected on the system
OpenCL include dir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX14.2.sdk/System/Library/Frameworks/OpenCL.framework
OpenCL library: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX14.2.sdk/System/Library/Frameworks/OpenCL.framework
終わりに
- これまでは倍精度を使っていた（汗）ので計算速度はかなり速くなった.
- 体感としては 3 倍近く早くなった？ 気がする.