系統樹OTU名のリネーム処理

系統樹ファイルのOTUをリストに従って、変換するスクリプト

tree_rename.py

#!/usr/bin/env python3

import argparse
from Bio import Phylo

def parse_args():
    parser = argparse.ArgumentParser(description="Newick系統樹のOTU名を指定リストに基づいて置換します。")
    parser.add_argument("-t", "--tree", required=True, help="入力Newickファイル (.nwk)")
    parser.add_argument("-r", "--replace", required=True, help="OTU名の置換リスト（タブ区切りTSV）")
    parser.add_argument("-o", "--output", required=True, help="出力Newickファイル名")
    return parser.parse_args()

def read_replace_table(file_path):
    replace_dict = {}
    with open(file_path, "r") as f:
        for line in f:
            parts = line.strip().split("\t")
            if len(parts) == 2:
                old, new = parts
                replace_dict[old] = new
    return replace_dict

def rename_otu(tree_path, replace_dict, output_path):
    tree = Phylo.read(tree_path, "newick")
    for terminal in tree.get_terminals():
        if terminal.name in replace_dict:
            terminal.name = replace_dict[terminal.name]
    Phylo.write(tree, output_path, "newick")
    print(f"変換済みの系統樹を保存しました: {output_path}")

def main():
    args = parse_args()
    replace_dict = read_replace_table(args.replace)
    rename_otu(args.tree, replace_dict, args.output)

if __name__ == "__main__":
    main()