IPhone 4sとiPhone 5の間で，画面の高さが変更になりました．また，Universal Appにする場合に，iPhoneのStoryboardとiPadのStoryboardそれぞれに，ViewControllerを用意するのは無駄です．
そこで，Storyboardを3つ作成して，一つのViewControllerの同一のpropertyやmethodに接続すればデバッグも簡単になります．

仮に3つのStoryboardの名前を

iPad.storyboard
iPhone_old.storyboard
iPhone.storyboard

とします．

AppDelegate.hに

@property (nonatomic) NSString  *sbName;

を定義し，Storyboardの名称を格納する領域を取ります．

AppDelegate.mの@implementation AppDelegate直下に

@synthesize sbName;

を追加します．

didFinishLaunchingWithOptionsを以下の様に書き換えます．

- (BOOL)application:(UIApplication *)application didFinishLaunchingWithOptions:(NSDictionary *)launchOptions
{
    // Override point for customization after application launch.
    // Override point for customization after application launch.
    // StoryBoardの型宣言
    UIStoryboard *storyboard;
     // StoryBoardの名称設定用
    NSString * storyBoardName;
    
    // 機種の取得
    NSString *modelname = [[UIDevice currentDevice] model];
    
    // iPadかどうか判断する
    if ( ![modelname hasPrefix:@"iPad"] ) {
        
        // Windowスクリーンのサイズを取得
        CGRect r = [[UIScreen mainScreen] bounds];
        // 縦の長さが480の場合、古いiPhoneだと判定
        if(r.size.height == 480)
        {
            storyBoardName = @"iPhone_old";
        }
        else
        {
            storyBoardName = @"iPhone";
        }
    }
    else
    {
        storyBoardName = @"iPad";
    }

    sbName = storyBoardName;

    // StoryBoardのインスタンス化
    storyboard = [UIStoryboard storyboardWithName:storyBoardName bundle:nil];
    
    // 画面の生成
    UIViewController *mainViewController = [storyboard instantiateInitialViewController];
    
    // ルートウィンドウにひっつける
    self.window = [[UIWindow alloc] initWithFrame:[[UIScreen mainScreen] bounds]];
    self.window.rootViewController = mainViewController;
    [self.window makeKeyAndVisible];
    
    return YES;
}

これで3つのStoryboardを用意して，それぞれにレイアウトを工夫して，一つのViewControllerで制御する事が可能になります．