今回 vender/budle をインストールしたことにより更新ファイルが6800個ほど追加されてしまったことに気づかずに他の作業をしてしまい、消すに消せなくなってしまっていた。
そこで対処法が見つかったので記載する。

省きたいものを浮き出させる##

git add .
git diff
git rm -r --cached .

上記コマンドをターミナル上で打つことで、コミットしていたものでも、gitdesktop上にもう一度浮き出させることができる。

gitignoreに追加##

.gitignore

# Ignore bundler gems.
/vendor/bundle

上記の文面をgitignoreファイルの下部に追記する。
追記することでgitdesktop上から省きたかったものが一気に消える。

git push origin ブランチ名

このコマンドを打つことでgithub上にあった膨大なコミット数が省かれる。