最近Unity2017.1に更新したんですが、さっそくバグを踏みました。
UI Button Issue after upgrading to 2017.1
https://forum.unity.com/threads/ui-button-issue-after-upgrading-to-2017-1.488407/
これは私が投稿したものではないですが、症状は同じで、uGUIのUIオブジェクトのタッチ(マウスクリック)が効かなくなることがあるというもの。
さっくり原因を書くと、ImageやButtonなどのUIオブジェクトのScale.x, Scale.y, Scale.zのいずれかがゼロの場合に、Raycastの範囲が各軸の全体に広がってしまい、他のRaycastTargetへのタッチを邪魔してしまうということのようです。
例えばアニメーションでImageを消すのにScaleを使ったり、Scaleを指定するのにVector3ではなくVector2を使っている場合に発生します(Scale.zが0.0fになるため)。ただ、オブジェクトのツリー構成によっては発生しないこともあるようです。
Unity2017.2では修正されているようですが、こちらではまだ確認していません。
https://unity3d.com/jp/unity/whats-new/unity-2017.2.0
UI: Fixed case of object scale interfering with input.
取り急ぎご連絡まで。