TSUBAMEでpython+caffeを使う場合のtips

先日TSUBAMEでcaffeを利用できるようにしてくれた方がいた。
(参考：
https://twitter.com/sacred_fox/status/605297481765691392
https://twitter.com/sacred_fox/status/605297652331212800
http://tsubame.gsic.titech.ac.jp/labs)

pythonで利用する場合、基本的には

~> source /usr/apps.sp3/nosupport/gsic/env/caffe-0.11.0.sh

としてからcaffeをimportすれば良い。

このスクリプトを使うと
/usr/apps.sp3/nosupport/gsic/python/2.7.7/bin/
に入っているpythonを実行するようになる。しかし、TSUBAMEに標準で入っているpythonのバージョンが古いなどの理由で標準のpythonの他にもpythonをインストールしていて、そちらを使いたい場合、このスクリプトを適当な場所にコピーし、以下のように一部コメントアウトして利用する。

# Caffe: 0.11.0
# CUDA: 6.5
# HDF: 1.8.11
# Python: 2.7.8
# Boost: 1.58.0

source /usr/apps.sp3/env/set_cuda-6.5.sh
source /usr/apps.sp3/nosupport/gsic/env/all/opencv-3.0.0-rc1.sh
source /usr/apps.sp3/nosupport/gsic/env/all/boost-1.58.0.sh
# source /usr/apps.sp3/nosupport/gsic/env/all/python-2.7.7.sh
export PATH=/usr/apps.sp3/nosupport/gsic/caffe/0.11.0/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/apps.sp3/nosupport/gsic/caffe/0.11.0/lib/:/usr/apps.sp3/nosupport/hdf5/1.8.11/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
export PYTHONPATH=/usr/apps.sp3/nosupport/gsic/caffe/0.11.0/python/:$PYTHONPATH
export CPATH=/usr/apps.sp3/nosupport/gsic/caffe/0.11.0/include/:/usr/apps.sp3/cuda/6.5/include/:/usr/apps.sp3/isv/intel/xe2013.1.046/mkl/include/:/usr/apps.sp3/nosupport/hdf5/1.8.11/include/:$CPATH
export LIBRARY_PATH=/usr/apps.sp3/nosupport/gsic/caffe/0.11.0/lib/:/usr/apps.sp3/nosupport/hdf5/1.8.11/lib/:$LIBRARY_PATH

この場合は当然ながら自分のpythonの環境にcaffeの依存ライブラリを導入しておかないと動かない。
依存関係はcaffeの公式ページ( http://caffe.berkeleyvision.org/ )に書いてある通りで、多くはpipなどでインストールできる。
ただしpipではprotobufのみインストールできないので、公式からソースコードを落としてきて、インストールしたディレクトリで以下のようなコマンドを実行する必要がある。

~> ./configure
~> make
~> make install
~> cd python
~> python setup.py build
~> python setup.py test
~> python setup.py install