うっかり設定をいじらずにサーバーからダウンロードして、改行だらけのファイルを爆誕させてしまった（ファイルサイズも変わった）のでメモ。

対処法

メニュー＞編集＞設定＞転送＞FTP:ファイルの種類＞デフォルトの転送タイプを「バイナリ」に変更
※改行が発生するときは「自動」か「ASCII（アスキー）」になってるはずです。
初期設定は自動でした。HTMLやCSS、JSファイルをアップしたりダウンロードするときは問題なく使えていたのでしばらく気付かなかった。

FileZillaに限った話でもないんでしょうけど、あたらしいFTP入れたらまず転送モード確認したいですね。