Kelasで3D U-Net (3DUnetCNN)を試してみようと思い、githubに示されているのデータセットと一緒にダウンロードした。
途中、ANTsのN4BiasFieldCorrectionをダウンロードしてインストールしろとあるが、Anacondaのcondaを使って入れた。

ひとつめの躓き

指示の通りサブディレクトリの brats で pythonから
from preprocess import convert_brats_data

と打ったら

AttributeError: module 'keras.backend' has no attribute 'set_image_dim_ordering'

と言われてしまう。
ググると、どうやら最近のkeras.backendにはset_image_dim_orderingが無いらしく、代わりにkeras.backend.commonにその関数を見つけた。なので
unit3d/training.pyの12行目をK.set_image_dim_ordering('th') →K.common.set_image_dim_ordering('th')と書き換えたらうまくいった。

2つめの躓き

データをコンバートするために同じくpython上で
convert_brats_data("data/original", "data/preprocessed")
と唱えろとあるが、成果物ができるはずのdata/preprocessedは空のままで、エラーも出ない。
おかしいと思い、コードを見てみた。
data/originalにデータを設置するためのフォルダの階層が一つ足りないだけでした。凡ミス。